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基于CRISPR/Cas的分子檢測(cè)

也許一提到CRISPR/Cas技術(shù),人們的第一反應(yīng)是,CRISPR/Cas技術(shù)是一個(gè)高效的基因編輯系統(tǒng)。其實(shí),CRISPR/Cas系統(tǒng)是一個(gè)多面手,不僅具有高效基因操作功能,還具有分子檢測(cè)能力。CRISPR/Cas是(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR associate)成簇規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列及相關(guān)蛋白質(zhì)縮寫(xiě),它是微生物的天然“免疫系統(tǒng)”。

本文帶您了解一下CRISPR/Cas高效的分子檢測(cè)能力,CRISPR/Cas系統(tǒng)不但可以檢測(cè)核酸分子(DNA/RNA),還可以檢測(cè)非核酸分子(小分子化合物、重金屬、蛋白質(zhì)、腫瘤循環(huán)細(xì)胞、外泌體等)。參與分子檢測(cè)常見(jiàn)的CRISPR/Cas系統(tǒng)有CRISPR/Cas9、CRISPR/Cas12、CRISPR/Cas13和CRISPR/Cas14。
01  核酸分子檢測(cè)

CRISPR/Cas系統(tǒng)在引導(dǎo)RNA(guide RNA,gRNA)的引導(dǎo)下識(shí)別目標(biāo)核酸(DNA/RNA)序列后,激活Cas蛋白對(duì)靶向和非靶向核酸(DNA/RNA)分子切割。CRISPR/Cas系統(tǒng)在靶向識(shí)別和切割過(guò)程中轉(zhuǎn)化靶標(biāo)核酸分子信號(hào)為檢測(cè)儀器或肉眼可觀察的信號(hào)。

依據(jù)檢測(cè)核酸分子類(lèi)型,CRISPR/Cas技術(shù)核酸檢測(cè)可分為DNA(CRISPR/Cas9、CRISPR/Cas12和CRISPR/Cas12識(shí)別DNA序列)和RNA(CRISPR/Cas13識(shí)別RNA序列)檢測(cè)。不同的CRISPR/Cas系統(tǒng)識(shí)別的核酸類(lèi)型不同,然而檢測(cè)過(guò)程中為了實(shí)現(xiàn)同一個(gè)CRISPR/Cas系統(tǒng)對(duì)DNA和RNA均能夠檢測(cè),必須借助于轉(zhuǎn)錄技術(shù)(transcription,T)和逆轉(zhuǎn)錄(reverse transcription,RT)實(shí)現(xiàn)DNA與RNA的相互轉(zhuǎn)化。

根據(jù)檢測(cè)核酸分子時(shí)是否需要體外核酸擴(kuò)增,CRISPR/Cas技術(shù)核酸檢測(cè)可分為輔助體外核酸擴(kuò)增檢測(cè)和無(wú)體外核酸擴(kuò)增檢測(cè)兩類(lèi)。輔助體外核酸擴(kuò)增檢測(cè)需先利用PCR、重組酶聚合酶等溫?cái)U(kuò)增(RPA)、環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)等技術(shù),對(duì)靶向核酸序列進(jìn)行體外擴(kuò)增,隨后再通過(guò)CRISPR/Cas系統(tǒng)檢測(cè)靶標(biāo)分子。與之不同,基于CRISPR/Cas的無(wú)體外核酸擴(kuò)增檢測(cè)技術(shù),能夠直接對(duì)靶標(biāo)核酸進(jìn)行檢測(cè),具有操作步驟簡(jiǎn)便、檢測(cè)耗時(shí)短、污染風(fēng)險(xiǎn)低等優(yōu)點(diǎn)。

CRISPR/Cas核酸檢測(cè)系統(tǒng)能夠?qū)邢駾NA分子信號(hào)高效轉(zhuǎn)化為熒光、化學(xué)、電化學(xué)等肉眼可見(jiàn)或可檢測(cè)的信號(hào),以此實(shí)現(xiàn)對(duì)靶標(biāo)核酸信號(hào)分子的精準(zhǔn)檢測(cè)。在實(shí)際應(yīng)用領(lǐng)域,該技術(shù)已廣泛用于多種病原體和基因特征檢測(cè),包括寨卡、乙腦病毒、非洲豬瘟病毒、嚴(yán)重急性呼吸系統(tǒng)綜合征冠狀病毒2(SARS-CoV-2)、耐甲氧西林金黃色葡萄球菌的核酸檢測(cè),以及DNA甲基化分析、HPV16和18基因分型等。值得一提的是,基于CRISPR/Cas13開(kāi)發(fā)的SARS-CoV-2核酸檢測(cè)系統(tǒng),無(wú)需進(jìn)行體外核酸擴(kuò)增,檢測(cè)下限約為31拷貝/μl,僅需20分鐘即可完成檢測(cè)。此外,同樣基于CRISPR/Cas13構(gòu)建的多通道熒光信號(hào)核酸分子檢測(cè)系統(tǒng),一次能檢測(cè)169種人類(lèi)相關(guān)病毒核酸,具備高通量、檢測(cè)迅速、成本低廉等顯著優(yōu)勢(shì) 。

02  非核酸分子檢測(cè)

隨著對(duì)CRISPR/Cas分子檢測(cè)技術(shù)研究的逐步深入,檢測(cè)的靶標(biāo)分子類(lèi)型也逐漸豐富,可實(shí)現(xiàn)循環(huán)腫瘤細(xì)胞、小分子化合物、蛋白質(zhì)分子、金屬離子、酶活性、抗生素、病原微生物等靶標(biāo)檢測(cè)。檢測(cè)樣本類(lèi)型從單一逐步走向復(fù)雜多樣,涵蓋人的血液、體液、牛奶、食品、環(huán)境樣本等。目前應(yīng)用于非核酸分子檢測(cè)的CRISPR/Cas系統(tǒng)主要有Cas12a和Cas13a。CRISPR/Cas12a可以有效地檢測(cè)外泌體,此過(guò)程通過(guò)適配體技術(shù)與CRISPR/Cas12a技術(shù)聯(lián)合,轉(zhuǎn)化外泌體信號(hào)為儀器可檢測(cè)信號(hào)。伴隨著檢測(cè)系統(tǒng)的優(yōu)化,檢測(cè)時(shí)間從120 ~20 min逐漸縮短,可實(shí)現(xiàn)POCT。CRISPR/Cas檢測(cè)的靶標(biāo)分子從病原微生物到小分化合物,凸顯了CRISPR/Cas可檢測(cè)非核酸靶標(biāo)分子的廣泛性、樣本類(lèi)型的普遍性以及檢測(cè)操作的便捷性,非常適合海關(guān)、車(chē)站、學(xué)校等場(chǎng)所的POCT。

相關(guān)產(chǎn)品:
RPA試劑盒及試紙條系列:

貨號(hào)

產(chǎn)品

規(guī)格

TABAS03KIT

TwistAmp Basic Kit DNA擴(kuò)增試劑盒

96T

TAEXO02KIT

TwistAmp exo 試劑盒

96T

B8201C1

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA基礎(chǔ)型)

48T

B8202C3

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA熒光型)

48T

B8203C5

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA試紙條型)

48T

B8204C7

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(RNA基礎(chǔ)型)

48T

B8205C9

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(RNA熒光型)

48T

B8206C0

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(RNA試紙條型)

48T

JY0209

雙靶標(biāo)HybriDetect側(cè)向?qū)游鲈嚰垪l(彩虹型)

50T

JY0201

單靶標(biāo)HybriDetect側(cè)向?qū)游鲈嚰垪l(彩虹型)

50T

JY0307

CRISPR單酶切及擴(kuò)增產(chǎn)物檢測(cè)試紙條

50T

JY0301

CRISPR Cas12/13 HybriDetect試紙條

50T

JY0308

CRISPR雙酶切檢測(cè)試紙條(變色龍)

50T

Cas酶系列:

 

貨號(hào)

包裝規(guī)格

中文名稱(chēng)

32108-01

100 pmoL

LbCas12a (Cpf1)

32108-03

1,000 pmoL

LbCas12a (Cpf1)

32117-01

100 pmoL

LwaCas13a (C2c2)

32117-03

1,000 pmoL

LwaCas13a (C2c2)

32118-01

100 pmoL

AapCas12b (C2c1)

32118-03

1,000 pmoL

AapCas12b (C2c1)

32119-01

100 pmoL

Un1Cas12f1 (Cas14a1)

32119-03

1,000 pmoL

Un1Cas12f1 (Cas14a1)

32104-01

100 pmoL

AsCas12a (Cpf1)

32104-03

1,000 pmoL

AsCas12a (Cpf1)

32116-01

100 pmoL

AacCas12b (C2c1)

32116-03

1,000 pmoL

AacCas12b (C2c1)

32106-01

100 pmoL

FnCas12a (Cpf1)

32106-03

1,000 pmoL

FnCas12a (Cpf1)

32110-01

100 pmoL

Lb5Cas12a (Cpf1)

32110-03

1,000 pmoL

Lb5Cas12a (Cpf1)

32101-01

100 pmoL

SpCas9

32101-03

1,000 pmoL

SpCas9

32102-01

100 pmoL

Sp-dCas9

32102-03

1,000 pmoL

Sp-dCas9

32120-01

100 pmoL

Sp-nCas9(H840A)

32120-03

1,000 pmoL

Sp-nCas9(H840A)